1994 г. 7 декабря – Разрешение Ростовского территориального антимонопольного управления на регистрацию Государственного предприятия по мелиорации и водному хозяйству «Ростовводэксплуатация» на базе АО «Ростовводмелиорация».
1994 г. 8 декабря – Решение № 6222/9 областного комитета по управлению имуществом Администрации Ростовской области «О реорганизации системы управления мелиорацией и водным хозяйством в Ростовской области». Создание Государственного предприятия по мелиорации и водному хозяйству «Ростовводэксплуатация» – предшественника ФГБУ «Управление «Ростовмелиоводхоз».
Учреждение образовано путем присоединения к нему в качестве филиалов следующих государственных учреждений:
- Азовского межрайонного управления оросительных систем;
- Аксайского межрайонного управления оросительных систем;
- Багаевского районного управления оросительных систем;
- Базковского межрайонного управления оросительных систем;
- Веселовского межрайонного управления оросительных систем;
- Волгодонского межрайонного управления оросительных систем;
- Управления Верхне-Сальской оросительно-обводнительной системы;
- Управления эксплуатации Донского магистрального канала
- Куйбышевского межрайонного управления оросительных систем;
- Мартыновского районного управления оросительных систем;
- Морозовского межрайонного управления оросительных систем;
- Неклиновского межрайонного управления оросительных систем;
- Пролетарского районного управления оросительных систем;
- Ростовского управления эксплуатации групповых водопроводов;
- Сальского межрайонного управления оросительных систем;
- Семикаракорского межрайонного управления оросительных систем;
- Управления эксплуатации Донского магистрального канала;
- Ростовского управления эксплуатации групповых водопроводов;
- Ростовской гидрогеолого-мелиоративной партии;
- Учебного комбината Южного научно-исследовательского института гидротехники и мелиорации;
- Южного специализированного научного центра по вопросам проектирования объектов мелиорации и сельскохозяйственного водоснабжения «Южводпроект».
Федеральное государственное бюджетное учреждение «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Ростовской области» является правопреемником государственного учреждения по мелиорации и водному хозяйству Ростовской области «Ростовводэксплуатация», преобразованного на основании приказа Минсельхозпрода РФ от 15 апреля 1997 г. №79 «О специально уполномоченном государственном органе в области мелиорации земель в Ростовской области» в Департамент по мелиорации земель и сельскохозяйственному водоснабжению Ростовской области «Ростовмелиоводхоз», реорганизованного приказом Министерства сельского хозяйства Российской Федерации от 4 апреля 2002 г. № 342» О федеральном государственном учреждении «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Ростовской области».
Федеральное учреждение «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Ростовской области» зарегистрировано Регистрационной палатой администрации г. Ростова-на-Дону по Ленинскому району 11 июня 2002 г.
В соответствии с приказом Министерства сельского хозяйства Российской Федерации от 17 мая 2011 года №126, переименовано в Федеральное государственное бюджетное учреждение (ФГБУ) «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Ростовской области» (ФГБУ «Управление «Ростовмелиоводхоз»).
